Après avoir suivi ses études de médecine à Lausanne et obtenu son diplôme en 2010, il débute sa formation de chirurgie à Yverdon puis part durant 2 ans en Belgique. De retour en Suisse en 2014, il termine sa formation en chirurgie aux HUG puis devient chef de clinique viscérale et de transplantation en 2016. 

Durant ses 7 ans de clinicat aux HUG, il a été entre autres responsable de la pariétologie en particulier robotique, des dispositifs d’accès veineux implantables et des systèmes de drainage d’ascite. Il a aussi été responsable de la programmation de la chirurgie viscérale et de transplantation ainsi que de la chirurgie ambulatoire.

Par ailleurs, il a été responsable du centre de compétence de la chirurgie de guerre pour l’armée Suisse ainsi que responsable de cours pré-gradués et post-gradués pour la chirurgie générale et viscérale. 

Il a également été responsable aux HUG du programme de prélèvement d’organes et a participé activement à l’activité de transplantation rénale de l’hôpital universitaire.

Actuellement spécialiste en chirurgie générale avec une expertise en chirurgie digestive, laparoscopique et robotique ainsi qu’en transplantation rénale, traumatologie et chirurgie d’urgence, le Dr Arnaud Dupuis s’installe en activité indépendante en ville de Genève en octobre 2023. 

Il conserve une activité de médecin associé aux Hôpitaux Universitaires de Genève en chirurgie viscérale et en transplantation pour ses compétences en chirurgie pariétale robotique et en transplantation rénale.